Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.

2026

• AlphaFind v2: similarity search in AlphaFold DB and TED domains across structural contexts

  SLANINÁKOVÁ Terézia ROŠINEC Adrián ČILLÍK Jakub KŘENEK Aleš GREŠOVÁ Katarína PORUBSKÁ Jana MARŠÁLKOVÁ Eva OĽHA Jaroslav PROCHÁZKA David HEJTMÁNEK Lukáš DOHNAL Vlastislav BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka ANTOL Matej

  Recenzovaný odborný článek

  NUCLEIC ACIDS RESEARCH, rok: 2026, DOI

• AlphaFind v2: Similarity Search in AlphaFold DB and TED Domains across Structural Contexts - data

  SLANINÁKOVÁ Terézia ROŠINEC Adrián ČILLÍK Jakub KŘENEK Aleš GREŠOVÁ Katarína PORUBSKÁ Jana MARŠÁLKOVÁ Eva OĽHA Jaroslav PROCHÁZKA David HEJTMÁNEK Lukáš DOHNAL Vlastislav BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka ANTOL Matej

  Specializovaná veřejná databáze

  Rok: 2026, druh: Specializovaná veřejná databáze

• GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata

  SLANINÁKOVÁ Terézia ROŠINEC Adrián PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2026, druh: Konferenční abstrakty

• GROMACS MetaDump: Automatic FAIR-Ready Metadata Extraction for Molecular Dynamics Simulations

  ROŠINEC Adrián ČILLÍK Jakub SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2026, druh: Další prezentace na konferencích

• MDDash – one stop shop for MD simulations

  KRÁSA Filip ROŠINEC Adrián ONDREJKA Adam KŘENEK Aleš

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2026, druh: Konferenční abstrakty

• MDFind: Federated search for molecular dynamics data

  ROŠINEC Adrián PAVLÍK Tomáš SLANINÁKOVÁ Terézia KŘENEK Aleš ANTOL Matej SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2026, druh: Konferenční abstrakty

2025

• AlphaFind 2.0 – Enhanced structural similarity search for AlphaFold database

  SLANINÁKOVÁ Terézia ČILLÍK Jakub ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína KŘENEK Aleš PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka ANTOL Matej

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2025, druh: Další prezentace na konferencích

• GROMACS MetaDump

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Software

  Rok: 2025

• Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Cheminformatics, rok: 2025, ročník: 17, vydání: 1, DOI

• Refining Structure-Based Search in AlphaFold DB: Including confidence metrics into AlphaFind

  SLANINÁKOVÁ Terézia MARŠÁLKOVÁ Eva GREŠOVÁ Katarína KŘENEK Aleš OĽHA Jaroslav PAVLÍK Tomáš ŠPRINGEROVÁ Pavlína SEHNAL David ANTOL Matej

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2025, druh: Konferenční abstrakty