Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.

2020

• Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations

  KŘENEK Aleš HOZZOVÁ Jana OĽHA Jaroslav TRAPL Dalibor SPIWOK Vojtěch

  Stať ve sborníku

  MODELLING AND SIMULATION 2020, rok: 2020

2019

• West-Life: A Virtual Research Environment for structural biology

  MORRIS Chris ANDREETTO Paolo BANCI Lucia BONVIN Alexandre M J J CHOJNOWSKI Grzegorz CANO Laura del CARAZO José Maria CONESA Pablo DAENKE Susan DAMASKOS George GIACHETTI Andrea HALEY Natalie E C HEKKELMAN Maarten L HEUSER Philipp JOOSTEN Robbie P KOUŘIL Daniel KŘENEK Aleš KULHÁNEK Tomáš LAMZIN Victor S NADZIRIN Nurul PERRAKIS Anastassis ROSATO Antonio SANDERSON Fiona SEGURA Joan SCHAARSCHMIDT Joerg SOBOLEV Egor TRALDI Sergio TRELLET Mikael E VELANKAR Sameer VERLATO Marco WINN Martyn

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Structural Biology: X, rok: 2019, ročník: 1, vydání: January - March 2019, DOI

2018

• Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations

  PAZÚRIKOVÁ Jana OĽHA Jaroslav KŘENEK Aleš SPIWOK Vojtěch

  Výzkumná zpráva, souhrnná výzkumná zpráva

  Rok: 2018

2017

• Identification of "BRAF-Positive" Cases Based on Whole-Slide Image Analysis

  POPOVICI Vlad KŘENEK Aleš BUDINSKÁ Eva

  Recenzovaný odborný článek

  Biomed Research International, rok: 2017, ročník: Neuveden, vydání: April, DOI

• Reducing the number of mean-square deviation calculations with floating close structure in metadynamics

  PAZÚRIKOVÁ Jana KŘENEK Aleš SPIWOK Vojtěch ŠIMKOVÁ Mária

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Chemical Physics, rok: 2017, ročník: 146, vydání: 11, DOI

2016

• Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics

  FILIPOVIČ Jiří PAZÚRIKOVÁ Jana KŘENEK Aleš SPIWOK Vojtěch

  Stať ve sborníku

  Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference, rok: 2016

• Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations

  KŘENEK Aleš RAČEK Tomáš PAZÚRIKOVÁ Jana

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2016, druh: Další prezentace na konferencích

• Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation

  PAZÚRIKOVÁ Jana KŘENEK Aleš MATYSKA Luděk

  Stať ve sborníku

  Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference, rok: 2016

• NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM

  RAČEK Tomáš SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KŘENEK Aleš PAZÚRIKOVÁ Jana GEIDL Stanislav KOČA Jaroslav

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2016, druh: Konferenční abstrakty

• NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges

  RAČEK Tomáš PAZÚRIKOVÁ Jana SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka GEIDL Stanislav KŘENEK Aleš FALGINELLA Francesco Luca HORSKÝ Vladimír HEJRET Václav KOČA Jaroslav

  Recenzovaný odborný článek

  Journal of Cheminformatics, rok: 2016, ročník: 8, vydání: October, DOI