Bio-Volumentations

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	HRADECKÁ Lucia LUX Filip ŠUĽAN Samuel MATULA Petr
Rok publikování	2025
Druh	Software
Fakulta / Pracoviště MU	Fakulta informatiky
www	Domovská stránka Článek GitLab repozitář
Popis	Bio-Volumentations is an image augmentation and preprocessing package for 3D (volumetric), 4D (time-lapse volumetric or multi-channel volumetric), and 5D (time-lapse multi-channel volumetric) biomedical images and their annotations. It is a handy tool for image manipulation in machine learning applications. The library can transform 3D to 5D images with image-based and point-based annotations, gives you fine-grained control over the transformation pipelines, and can be used with any major Python deep learning library (including PyTorch, PyTorch Lightning, TensorFlow, and Keras) in a wide range of applications including classification, object detection, semantic & instance segmentation, and object tracking.
Související projekty:	Segmentace a sledování buněk se složitým tvarem Czech BioImaging: Národní výzkumná infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování Modelování, analýza a verifikace (2025)