RNDr. Matej Antol, Ph.D.

2026

• AlphaFind v2: Similarity Search in AlphaFold DB and TED Domains across Structural Contexts - data

  SLANINÁKOVÁ Terézia ROŠINEC Adrián ČILLÍK Jakub KŘENEK Aleš GREŠOVÁ Katarína PORUBSKÁ Jana MARŠÁLKOVÁ Eva OĽHA Jaroslav PROCHÁZKA David HEJTMÁNEK Lukáš DOHNAL Vlastislav BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka ANTOL Matej

  Specializovaná databáze

  Rok: 2026, druh: Specializovaná databáze

• GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata

  SLANINÁKOVÁ Terézia ROŠINEC Adrián PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2026, druh: Konferenční abstrakty

• MDFind: Federated search for molecular dynamics data

  ROŠINEC Adrián PAVLÍK Tomáš SLANINÁKOVÁ Terézia KŘENEK Aleš ANTOL Matej SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2026, druh: Konferenční abstrakty

2025

• Advancing research by unlocking the full value of scientific data

  CAPANDOVÁ Michaela JURÁČEK Jaroslav AMBROZOVÁ Veronika ANTOL Matej

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2025, druh: Konferenční abstrakty

• AlphaFind 2.0 – Enhanced structural similarity search for AlphaFold database

  SLANINÁKOVÁ Terézia ČILLÍK Jakub ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína KŘENEK Aleš PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka ANTOL Matej

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2025, druh: Další prezentace na konferencích

• Estimating resource budgets to ensure autotuning efficiency

  OĽHA Jaroslav HOZZOVÁ Jana ANTOL Matej FILIPOVIČ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  PARALLEL COMPUTING, rok: 2025, ročník: 123, vydání: March, DOI

• GROMACS MetaDump

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Software

  Rok: 2025

• Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2025, ročník: 17, vydání: 1, DOI

• On the Costs and Benefits of Learned Indexing for Dynamic High-Dimensional Data

  SLANINÁKOVÁ Terézia OĽHA Jaroslav PROCHÁZKA David ANTOL Matej DOHNAL Vlastislav

  Článek ve sborníku

  Big Data Analytics and Knowledge Discovery 27th International Conference, DaWaK 2025, Bangkok, Thailand, August 25–27, 2025, Proceedings, rok: 2025

• On the Costs and Benefits of Learned Indexing for Dynamic High-Dimensional Data: Extended Version

  SLANINÁKOVÁ Terézia OĽHA Jaroslav PROCHÁZKA David ANTOL Matej DOHNAL Vlastislav

  Výzkumná zpráva

  Rok: 2025