Computational prediction of monosaccharide binding free energies to lectins with linear interaction energy models

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	MISHRA Sushil Kumar SUND Johan AQVIST Johan KOČA Jaroslav
Rok publikování	2012
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Journal of Computational Chemistry
Fakulta / Pracoviště MU	Středoevropský technologický institut
Citace
www	http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23081/abstract
Doi	https://doi.org/10.1002/jcc.23081
Obor	Fyzikální chemie a teoretická chemie
Klíčová slova	free energy; saccharides; linear interaction energy; molecular dynamics; Ralstonia solanacearum lectin; Pseudomonas aeruginosa lectin-II
Přiložené soubory	JCC_2012.pdf
Popis	The linear interaction energy (LIE) method to compute binding free energies is applied to lectin-monosaccharide complexes. Here, we calculate the binding free energies of monosaccharides to the Ralstonia solanacearum lectin (RSL) and the Pseudomonas aeruginosa lectin-II (PA-IIL). The standard LIE model performs very well for RSL, whereas the PA-IIL system, where ligand binding involves two calcium ions, presents a major challenge. To overcome this, we explore a new variant of the LIE model, where ligand–metal ion interactions are scaled separately. This model also predicts the saccharide binding preference of PA-IIL on mutation of the receptor, which may be useful for protein engineering of lectins.
Související projekty:	Návrh antibakteriálních a antivirových léků na bázi cukrů a glykomimetik Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny CEITEC - středoevropský technologický institut SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future