Variační nástroj založený na autoenkodéru pro návrh ancestrálních proteinů
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2024 |
| Druh | Software |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| www | Skripty v jazyce Python a datové sady jsou k dispozici na GitHubu |
| Popis | Abychom zefektivnili hledání proteinových sekvencí s požadovanými vlastnostmi, využíváme informace z proteinových rodin prostřednictvím vícenásobného zarovnání sekvencí k identifikaci konzervovaných oblastí a oblastí variability aminokyselin. Nově zavádíme variační autoenkodéry, které mohou zachytit plnou variabilitu sekvencí v zarovnáních vícenásobných sekvencí pomocí nelineárního modelování strojového učení. Vyvinuli jsme nástroj, který se učí reprezentaci proteinů a může vědcům pomoci při tvorbě vylepšených proteinových mutantů i při fylogenetické rekonstrukci proteinů. Případová studie je k dispozici zde: https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-jcds7-v2 |
| Související projekty: |