Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations

Název česky Prohledávání prostoru foldování proteinů simulacemí řízenými neuronovou sítí
Autoři

KŘENEK Aleš HOZZOVÁ Jana OĽHA Jaroslav TRAPL Dalibor SPIWOK Vojtěch

Rok publikování 2020
Druh Článek ve sborníku
Konference MODELLING AND SIMULATION 2020
Fakulta / Pracoviště MU

Ústav výpočetní techniky

Citace
www program konference
Klíčová slova metadyamic; protein folding; netural network
Popis We introduce a novel computationally feasible method of exploring protein folding spaces, while working with- out any a priori knowledge of the space, hence over- coming a drawback of previous methods. Since our ap- proach uses random landmark structures without any guarantee of chemical or biological meaning, we use neu- ral networks to extract meaningful features to guide the simulation. The method is described in detail, and its implementation is publicly available. We demonstrate the feasibility of this approach by accelerating the fold- ing of the Trp-Cage miniprotein 20 times.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info