Allelic variants for candidate nitrogen fixation genes revealed by sequencing in red clover (Trifolium pratense L.)

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky Varianty alel kandidátních genů pro fixaci dusíku u jetele lučního (Trifolium pratense L.) identifikované sekvenováním
Autoři

TRNĚNÝ Oldřich VLK David MACKOVÁ Eliška MATOUŠKOVÁ Michaela ŘEPKOVÁ Jana NEDĚLNÍK Jan HOFBAUER Jan VEJRAŽKA Karel JAKEŠOVÁ Hana JANSA Jan PIÁLEK Lubomír KNOTOVÁ Daniela

Rok publikování 2019
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj International Journal of Molecular Sciences
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www http://dx.doi.org/10.3390/ijms20215470
Doi http://dx.doi.org/10.3390/ijms20215470
Klíčová slova associated genes; associated polymorphisms; genome-wide association; biological nitrogen fixation; red clover
Popis Symbióza mezi rostlinami a rizobii aktivuje klíčové geny pro regulaci tvorby hlízek souvisejících se schopností biologické fixace dusíku (BFD). Molekulární podstata BFD je často studována, avšak doposud je jen málo známo o vnitrodruhové variabilitě a charakterizaci alelových variant genů. Hlavními cíli studie bylo popsat fenotypovou a genotypovou variabilitu v kontextu fixace dusíku u jetele lučního (Trifolium pratense L.) a identifikovat varianty kandidátních genů pro BFD asociované s efektivitou fixace dusíku. Kritériem pro selekci rostlin s konkrétní hodnotou fixace dusíku byla acetylénová redukční metoda. Obohacené sekvenování u rostlin s kontrastními hodnotami fixace dusíku založené na hybridizaci cílových sekvencí bylo využito k osekvenování 86 klíčových genů. Byly identifikovány dva geny asociované se schopností fixace dusíku: ethylene response factor required for nodule differentiation (EFD) a molybdate transporter 1 (MOT1). Dále bylo provedeno celogenomové populační genotypování metodou ddRADseq a BFD byla vyhodnocena metodou 15N. Na základě fenotypové variability a hodnocení genetické struktury populace byly identifikovány asociované polymorfismy. Poznatky z hodnocení genetické variability kandidátních genů pro BFD a charakterizace genetických variant bude využitelná pro molekulární diagnostiku ve šlechtění jetele lučního.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info