Preparing unbiased T cell receptor and antibody cDNA libraries for the deep next generation sequencing profiling

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	MAMEDOV Ilgar BRITANOVA Olga ZVYAGIN I. TURCHANINOVA M. BOLOTIN D. PUTINTSEVA E. LEBEDEV Y. CHUDAKOV Dmitriy
Rok publikování	2013
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Frontiers in Immunology
Fakulta / Pracoviště MU	Středoevropský technologický institut
Citace
www	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3870325/
Doi	https://doi.org/10.3389/fimmu.2013.00456
Obor	Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova	BCR repertoires; CDNA libraries; IG repertoires; MiTCR; NGS applications; T-cell receptor; T-cell receptor repertoire; TCR repertoires
Popis	Sekvenování vysokou propustností má sílu odhalit povahu adaptivní imunity reprezentované plné složitosti T buněčného receptoru (TCR) a protilátky (Ig) repertoár, ale v současné době vážně ohrožena kvantitativní zkreslení, úzkých a nahromaděné chyby, které nevyhnutelně nastanou v průběhu přípravy knihovny a sekvenování. Zde jsme zprávu optimalizovaný protokol pro nezaujatého přípravě TCR a IG cDNA knihoven pro sekvenování vysokou propustností, počínaje od tisíců nebo milionů živých buněk v zkoumaného vzorku. Kritické body pro kontrolu jsou odhaleny, spolu s tipy, které umožňují výzkumníci, aby se minimalizovalo kvantitativní zaujatost, kumulované chyby a kontaminace cross vzorku v každé fázi, a zlepšit následnou bioinformačních analýzy. Protokol je jednoduché, spolehlivé, a může být provedeno za 1 až 2 dny.
Související projekty:	CEITEC - středoevropský technologický institut