Dynamics of the base of ribosomal A-site finger revealed by molecular dynamics simulations and Cryo-EM.

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Dynamika ribosomálního A-site fingeru odhalená molekulově dynamickými simulacemi a Cryo-EM.
Autoři	RÉBLOVÁ Kamila RÁZGA Filip LI Wen GAO Haixiao FRANK Joachim ŠPONER Jiří
Rok publikování	2010
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Nucleic Acids Research
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
Obor	Fyzikální chemie a teoretická chemie
Klíčová slova	Kink-turn; RNA flexibility; Molecular Dynamics; Ribosome function
Popis	Provedli jsme molekulově dynamické simulace ohnutých segmentů A-site fingeru z velké podjednotky archeálního ribozómu a ze třech velkých podjednotek ribozómů bakteriálních. Studie ukázala, že ačkoli mají studované ribozomální segmenty nekonzervované sekundární struktury, mají téměř identické prostorové uspořádání a vykazují podobné stochastické fluktuace. Geometrie segmentů ze simulací odpovídají strukturám, které byly získány pomocí kryo-elektronové mikroskopie.
Související projekty:	Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím