High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	BARNAT Jiří BRIM Luboš ŠAFRÁNEK David
Rok publikování	2010
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Briefings in Bioinformatics
Fakulta / Pracoviště MU	Fakulta informatiky
Citace
www	Abstract PDF reprint DOI
Obor	Informatika
Klíčová slova	molecular interaction networks; mathematical modeling and computer simulation; kinetic models; discrete abstraction; high-performance computing; model checking
Popis	Článek představuje paralelní distribuovaný model checker DiVinE ve vazbě na aplikaci v systémové biologii. Prostřednictvím metody model checking lze analyzovat dynamiku modelů biochemických reakcí. Článek shrnuje výsledky dosažené v oblasti škálovatelnosti algoritmu model checkingu pro lineární temprální logiku na paralelních architekturách. Představeny jsou výsledky aplikace na konkrétní problémy v systémové biologii.
Související projekty:	Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů Automatizovaná formální verifikace s využitím soudobého hardware