Effects of Restrained Sampling Space and Nonplanar Amino Groups on Free-Energy Predictions for RNA with Imino and Sheared Tandem GA Base Pairs Flanked by GC, CG, iGiC or iCIG Base Pairs

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Efekt omezeného sámplování a neplanárních aminoskupin na volnou energii predikcí pro RNA s imino a (sheared) hromadnými páry bází GA obklopenými páry GC, CG, iGiC nebo iCiG.
Autoři	YILDIRIM Ilyas STERN Harry ŠPONER Jiří ŠPAČKOVÁ Naděžda TURNER Douglas
Rok publikování	2009
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Journal of Chemical Theory and Computation
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
Obor	Biofyzika
Klíčová slova	base pairs; NMR; amber force field
Popis	Guanino adeninové páry bází hrají důležitou roli při určení struktury, dynamiky a stability RNA. Předložené výpočty testují přístup termodynamické interagrace se silovým polem amber99 srovnáním vypočtených předpovědí rozdílů volných energií s rozdíly volných energií očekávaných na základě struktur RNA motivů určených pomocí NMR.
Související projekty:	Biomolekulární centrum