Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Závislost simulací A-RNA na volbě silového pole a iontové síly.
Autoři	BEŠŠEOVÁ Ivana OTYEPKA Michal RÉBLOVÁ Kamila ŠPONER Jiří
Rok publikování	2009
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Physical Chemistry Chemical Physics
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
Obor	Biofyzika
Klíčová slova	molecular dynamics methods; RNA; force field; A-form
Popis	Provedli jsem extenzivní molekulově dynamickou studii třech A-RNA duplexů. Testovali jsme závislost geometrie A-RNA na silovém poli (Parm99 a Parmbsc0) a na velikosti iontové síly. Silové pole parmbsc0 zabraňuje dočasným alfa/gama t/t přechodům, čímž zkompaktňuje A-RNA duplex ve srovnání se silovým polem parm99. Stabilizace A-RNA ve srovnání s parmbsc0 zahrnuje viditelnou redukci šířky velkého žlábku, zvýšení parametru roll, zvětšení helikální inklinace a malé zvýšení twistu. Silové pole parmbsc0 tak posouvá simulované duplexy více do A-formy.
Související projekty:	Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím Biomolekulární centrum