TRITON 4 : software for ligand-binding protein engineering

• Název česky: TRITON 4 : program pro in silico inženýrství ligandy-vázajicich proteinů
• Autoři: PROKOP Martin; ADAM Jan; KŘÍŽ Zdeněk; WIMMEROVÁ Michaela; KOČA Jaroslav
• Rok publikování: 2009
• Druh: Software
• Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta
• www: Website of the software TRITON
• Popis: Program TRITON 4 je graficky orientovaný software pro počítačový design proteinů. Implementovaná metodika počítačové místně-cílené mutageneze umožňuje navrhnout mutanty proteinů s požadovanými vlastnostmi. Pro modelování struktur mutantů je používána metoda homologního modelování prostřednictvím externího programu MODELLER. Schopnost modelovaných mutantů vázat ligandy je studována metodou molekulárního dokingu ve spolupráci s externím programem AutoDock. To umožňuje získat vazebné mody ligandu a vazebné energie. Vazebné vlastnosti mohou být také analyzovány prostřednictvím afinitních map nebo elektrostatické interakce mezi ligandem a jednotlivými residui ve vazebném centru. Program TRITON 4 poskytuje grafické nástroje pro přípravu vstupních souborů a vizualizaci výstupních dat. Program umožňuje organizovat výpočetní data prostřednictvím projektů. Program TRITON 4 je dostupný pro operční systém Linux. Program je k dispozici zdarma pro akademické uživatele.

Související projekty

• Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
• Biomolekulární centrum
• Lektidy z lidských patogenů - struktura, funkce, inženýrství