Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání  tří metod celogenomové sekvenace.

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	ZOBANÍKOVÁ Marie MATĚJKOVÁ Petra STROUHAL Michal ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David
Rok publikování	2008
Druh	Článek ve sborníku
Konference	XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků.
Fakulta / Pracoviště MU	Lékařská fakulta
Citace
Obor	Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova	Treponema pallidum; CGS; pyrosequencing; Solexa; Sanger sequencing
Popis	Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je blízce příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum) o známé genomové sekvenci. Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws bylo tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Genom kmene Samoa D byl nejprve sekvencován pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencování (454 Life Sciences). Později byl tento genom sekvencován také metodou firmy Solexa. Jako referenční metoda pro vyhodnocení správné sekvence v místech rozdílů mezi sekvencemi a pro vyplnění mezer mezi kontigy bylo použito Sangerovo sekvencování.
Související projekty:	Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum