Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	MATĚJKOVÁ Petra ŠMAJS David
Rok publikování	2006
Druh	Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU	Lékařská fakulta
Citace
Popis	Cíl: Cílem práce bylo amplifikovat heterologní oblasti genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoan D zjištěné metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a přispět tak k získání kompletní genomové sekvence původce yaws. Metodou přímého sekvenování PCR produktů jsme vyšetřili 68 z 82 heterologních oblastí a nalezli jsme sekvenční změny charakteru jednonukleotidových záměn a krátkých delecí a inzercí. U oblastí delších, kde je nutno používat pro sekvenování také interní primery, dochází často k situaci, že primery nenasedají, neboť v jejich komplementárním místě je sekvenční změna oproti kmeni Nichols. Sekvenční rozdíly zjištěné DDT sekvenováním heterologních úseků budou použity pro dokončení kompletní genomové sekvence kmene Samoan D.
Související projekty:	Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů