miRBench: novel benchmark datasets for microRNA binding site prediction that mitigate against prevalent microRNA frequency class bias

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

SAMMUT Stephanie GREŠOVÁ Katarína TZIMOTOUDIS Dimosthenis MARŠÁLKOVÁ Eva ČECHÁK David ALEXIOU Panagiotis

Rok publikování 2025
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Computational systems bioinformatics / Life Sciences Society. Computational Systems Bioinformatics Conference
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
www https://academic.oup.com/bioinformatics/article/41/Supplement_1/i542/8199406?login=true
Doi http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaf233
Klíčová slova miRNA; THERAPEUTICS; RNAS
Popis MicroRNAs (miRNAs) are crucial regulators of gene expression, but the precise mechanisms governing their binding to target sites remain unclear. A major contributing factor to this is the lack of unbiased experimental datasets for training accurate prediction models. While recent experimental advances have provided numerous miRNA–target interactions, these are solely positive interactions. Generating negative examples in silico is challenging and prone to introducing biases, such as the miRNA frequency class bias identified in this work. Biases within datasets can compromise model generalization, leading models to learn dataset-specific artifacts rather than true biological patterns.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info