Analýza inaktivace chromozomu X u dětí s neurovývojovými onemocněními s X-vázanými chromozomovými abnormalitami

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

MALÁ Tereza WAYHELOVÁ Markéta VALLOVÁ Vladimíra HLADÍLKOVÁ Eva FILKOVÁ Hana SMETANA Jan GAILLYOVÁ Renata KUGLÍK Petr

Rok publikování 2022
Druh Další prezentace na konferencích
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Přiložené soubory
Popis Inaktivace chromozomu X (X-chromosome inactivation, XCI) představuje epigenetický mechanismus kompenzace genové dávky mezi pohlavími u savců. U lidí se jedná se zpravidla o náhodný proces počínající během raných fází embryogeneze. Nenáhodná XCI bývá pozorována u dívek či žen nesoucích X-vázané chromozomové abnormality či sekvenční varianty, jež mohou být příčinou manifestace asociovaných patologií. V rámci studie byl sledován status XCI u pacientek s X-vázanými sekvenčními variantami a CNVs a byl diskutován v souvislosti korelace genotypu s fenotypem X-vázaných neurovývojových onemocnění (neurodevelopmental disorders, NDDs). Status XCI byl studován metodou metylačně-senzitivního restrikčního štěpení a následné amplifikace polymorfních X-vázaných markerů (short tandem repeats, STR) v genech AR, CNKSR2, RP2, PCSK1N v těsné blízkosti cílových sekvencí restrikčního štěpení. Do studie bylo zahrnuto celkem 58 osob. U 29 dívek či žen s X-vázanými sekvenčními variantami, CNVs a rozsáhlými přestavbami chromozomu X byla provedena analýza XCI a u jejich rodinných příslušníků bez manifestace fenotypových projevů NDDs či s různě variabilními projevy NDDs byla provedena amplifikace polymorfních lokusů pro účely segregační analýzy. V první části studie byla zavedena a optimalizována metodika analýzy XCI, jež byla poté použita na studovaném souboru jedinců. Kombinací výše uvedených STR bylo možné určit status XCI u 86 % pacientek (25/29). Náhodná XCI byla detekována u 62 % pacientek (18/29). Nenáhodná XCI byla prokázána u 6,9 % pacientek (2/29) a extrémně nenáhodná XCI pak u 17,2 % pacientek (5/29). Nenáhodná až extrémně nenáhodná XCI byla prokázána u 67 % nositelek rozsáhlých přestaveb chromozomu X, naopak u 83 % nositelek X-vázaných CNVs byla detekována náhodná XCI. Přenašečství X-vázané sekvenční změny bylo ve 40 % případů spojeno s náhodnou XCI, ve stejném % s nenáhodnou XCI a ve 20 % případů se status XCI nepodařilo určit. Segregační analýzy realizované u rodinných příslušníků poté prokázaly ochranný vliv nenáhodné XCI u asymptomatických přenašeček patogenních X-vázaných variant, respektive vliv míry XCI na manifestaci fenotypu NDDs. Analýzy XCI přispívají ke zpřesnění korelace genotypu s fenotypem a k predikci klinických projevů X-vázaných chromozomových abnormalit u pacientů s NDDs. Práce byla podpořena projekty PřF MU MUNI/A/1522/2020, MUNI/A/1325/2021 a AZV MZ ČR NU 20-07-00145.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info