DDA, DIA, či directDIA: závisle, s knihovnou či bez? Praktické porovnání přístupů pro různé typy proteomických experimentů

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

BOUCHAL Pavel LAPČÍK Petr FAKTOR Jakub POTĚŠIL David

Rok publikování 2019
Druh Další prezentace na konferencích
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Popis Datově závislý sběr dat (data-dependent acquisition, DDA) je konvenční proteomickou akviziční technikou pro on-line kombinaci kapalinové chromatografie (LC) a hmotnostní-spektrometrie (MS). DDA-MS je postavena na výběru omezeného počtu nejintenzivnějších prekurzorových iontů v okamžiku jejich eluce a jejich fragmentaci. V posledních letech se dále intenzivně rozvíjí přístup na bázi datově nezávislého sběru dat (data independent acquisition, DIA), který je postaven na výběru prekurzorů v širokých oknech a jejich fragmentaci. Hlavní výhodou DIA je konzistentní peptidová kvantifikace ve studiích o velkém počtu vzorků, umožňující klasifikaci na základě proteotypů [1]. Zatímco klasický DIA přístup vyžaduje tvorbu spektrální knihovny, directDIA přístup postavený na algoritmu DIA Umpire zahrnuje databázové prohledávání z DIA dat [2]. Cílem prezentace bude porovnat výsledky aplikace těchto přístupů v různých typech proteomických experimentů. V rámci prezentace budou diskutovány výsledky tří studií: (i) budou srovnány výsledky měření souborů tkání nádorů prsu pomocí SuperSILAC, DIA a directDIA, (ii) budou srovnány výsledky z analýzy proteinových frakcí se SILAC-3plex značením pomocí DDA a direct-DIA, (iii) budou srovnány výsledky z funkčně-proteomického experimentu zaměřeného na studium úlohy desmocollinu-1 v buněčné linii odvozené od luminálního nádoru prsu pomocí DDA a directDIA. Data ukazují, že (direct)DIA je vysoce kompetitivní přístup ke konvenční DDA s label-free kvantifikací, kde dosahuje srovnatelného či lepšího pokrytí proteomu, navíc s výrazně konzistentnější kvantifikací v MS2 módu vedoucí ke kompletní datové matrici. To předurčuje DIA k analýze velkých souborů vzorků v klinickém a experimentálním výzkumu.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info