Study of karyotype structure and evolution in the genus Trifolium (Fabaceae)

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky Studium struktury a evoluce karyotypu rodu Trifolium (Fabaceae)
Autoři

MACKOVÁ Eliška ŘEPKOVÁ Jana MANDÁKOVÁ Terezie

Rok publikování 2019
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Popis Struktura a evoluce karyotypu byla v posledních několika desetiletích úspěšně studována u živočichů a člověka metodami jako proužkování chromozomů či později molekulárními technikami založenými na in situ hybridizaci sond (fluorescenční in situ hybridizace FISH, mnohobarevná M-FISH, spektrální karyotypování, atd.). Metody proužkování chromozomů, přestože jsou velmi rozšířené v cytogenetice lidí i zvířat, nemohou být využity při studiu karyotypu mnoha rostlinných druhů z důvodu uniformního vzoru pruhů (Schubert et al. 2001). Studium rostlinných karyotypů je tedy v mnoha případech závislé na cílení specifických DNA sekvencí hybridizačními technikami. Tato situace je ještě více komplikována skutečností, že z důvodu vysoké komplexnosti a velké frakce repetitivních elementů v genomech rostlin nelze jako sondy pro hybridizaci využít velké chromozomové úseky či celé chromozomy. Z tohoto důvodu cytogenetické analýzy u rostlin využívají syntetické oligonukleotidové knihovny (oligopaint FISH; Beliveau et al., 2012) a vysokokapacitní DNA vektory, jako jsou například umělé bakteriální chromozomy (bacterial artificial chromosomes, BACs). Využití BAC klonů umožnilo vývoj techniky zvané BAC-FISH, ve které se využívá jednoho nebo více BAC klonů obsahujících velké úseky DNA jako specifických sond (Shizuya et al., 1992). Tato technika byla následně modifikována k využití chromozomově specifických BAC klonů jako sond u blízko příbuzných druhů (komparativní malování chromozomů, comparative chromosome painting, CCP) a k značení velkých úseků chromozomů, jako například chromozomových ramének či celách chromozomů (malování chromozomů pomocí BAC, BAC-painting). BAC-painting byl jako první zaveden u čeledi Brassicaceae, přičemž Arabidopsis thaliana byla první rostlinou, ve které byly úspěšně „namalovány“ (Lysák et al., 2001; Pecinka et al., 2004). Dodnes je BAC-painting zaveden pouze v čeledi Brassicaceae a u Brachypodium (čeleď Poaceae) (Betekhtin et al., 2014). Cílem této práce je analyzovat karyotyp rodu Troflium, zemědělsky důležitého rodu z čeledi Fabaceae. V této práci bude rekonstruován karyotyp vybraných druhů rodu Trifolium s odlišným základním chromozomovým číslem (x = 8, 7, 6, 5) a s odlišnou úrovní ploidie. Tyto karyotypy budou porovnány za účelem identifikace mechanismu redukce počtu chromozomů a procesů doprovázejících alopolyploidizaci. Rovněž bude využita BAC knihovna Medicago truncatula k označení jednotlivých chromozomů rodu Trifolium za účelem zavést metodu BAC-painting v čeledi Fabaceae pro další aplikace a komparativní malování chromozomů.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info