Efektivní metodika pro stanovení haplogenotypů lektinu vázajícího manózu a role tohoto receptoru v etiopatogenezi onemocnění dutiny ústní

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

MOHLEROVÁ Nora MRÁZKOVÁ Jana ŠÍSTEK Petr LOCHMAN Jan IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ Lydie BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ Petra

Rok publikování 2019
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Popis Úvod a cíl: Lektin vázající manózu (MBL) hraje důležitou roli v rámci vrozené imunity. Tento receptor rozpoznávající molekulární vzory na povrchu patogenů je studován a asociován s řadou chorob dutiny ústní (recidivující aftózní stomatitidou, parodontitidou, orálním lichen planus, zubním kazem). Cílem práce bylo navrhnout efektivní metodiku pro identifikaci funkčních polymorfizmů v MBL2 genu, jejichž alelické a genotypové kombinace ovlivňují expresi genu MBL2. Metodika: Byly vybrány tři polymorfizmy v oblasti exonu 1 v kodonech 52, 54 a 57 (těm odpovídají alely D, B a C), dále dva polymorfizmy v promotoru 1 na pozicích -550 (alelová varianta H/L) a -221 (alelová varianta X/Y) a na pozici +4 v 5' nepřekládané oblasti (alelová varianta P/Q) na souboru 353 osob české národnosti. Byl navržen originální protokol pro stanovení variant všech šesti polymorfizmů v rámci jedné SNaPshot analýzy. Pro zpracování dat a následnou haplotypovou/haplogenotypovou analýzu byl vyvinut originální algoritmus. Validace SNaPshot analýzy byla provedena komparací získaných výsledků u 10 vybraných vzorků pomocí sekvenační analýzy a alelově specifické PCR, která se standardně používá pro genotypizaci MBL2. Výsledky: Optimalizovaný protokol byl nastaven na 100 ng vstupní genomové DNA pro analýzu všech šesti polymorfizmů. Spotřeba komerční SNaPshot reakční směsi je 5× nižší než je doporučeno v přiloženém návodu při zachování stejné účinnosti. Genotypové rozložení u všech studovaných variant bylo v Hardy-Weinbergerově rovnováze (P>0,05). Frekvence minoritních alel všech šesti polymorfizmů ve zvolené kohortě odpovídalo frekvencím v evropské populaci. Výsledné genotypy získané touto metodou byly ve 100% shodě s výsledky získanými dalšími dvěma metodickými přístupy. Závěr: Pro určení šesti polymorfizmů v genu MBL2 jsme vyvinuli metodiku, která je rychlá, spolehlivá, nenáročná na vstupní množství DNA a ekonomicky výhodná. Metodika a algoritmus pro sestavení haplotypů/haplogenotypů jsou nyní připraveny pro využití při genetických asociačních studiích, které jsou zaměřeny nejenom na choroby dutiny ústní, ale i na další onemocnění. Poděkování: Studie byla podpořena z grantu NV17-30439A, ze specifického výzkumu MUNI/A/1546/2018 a z prostředků poskytnutých Lékařskou fakultou MU juniorskému výzkumníkovi Petře Bořilové Linhartové.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info