Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis

Varování

Publikace nespadá pod Ústav výpočetní techniky, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	KOTÁSKOVÁ Iva MALIŠOVÁ Barbora OBRUČOVÁ Hana HOLÁ Veronika PEROUTKOVÁ Tereza RŮŽIČKA Filip FREIBERGER Tomáš
Rok publikování	2017
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology
Fakulta / Pracoviště MU	Lékařská fakulta
Citace
Doi	https://doi.org/10.1159/000484524
Obor	Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova	Catheter; Complex sample; Mixed chromatogram; PCR denaturing gradient gel electrophoresis; RipSeq Mixed
Popis	Complex samples are a challenge for sequencing-based broad-range diagnostics. We analysed 19 urinary catheter, ureteral Double-J catheter, and urine samples using 3 methodological approaches. Out of the total 84 operational taxonomic units, 37, 61, and 88% were identified by culture, PCR-DGGE-SS (PCR denaturing gradient gel electrophoresis followed by Sanger sequencing), and PCR-DGGE-RM (PCR- DGGE combined with software chromatogram separation by RipSeq Mixed tool), respectively. The latter approach was shown to be an efficient tool to complement culture in complex sample assessment.
Související projekty:	Polymikrobiální biofilm jako příčina chronických močových infekcí a selhávání terapie: kultivační a PCR-DGGE diagnostika, význam a možnosti řešení Patogeneze a léčba humorální imunodeficiencí Polymikrobiální biofilm jako komplexní mikrobiom v rámci léčby nozokomiálních infekcí