Analýza a vzorkování molekulárních simulací pomocí kontradiktorních autokodérů
- Project Identification
- GA22-29667S
- Project Period
- 1/2022 - 12/2024
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Institute of Computer Science
- Cooperating Organization
-
Prague Institute of Chemical Technology
- Responsible person prof. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.
Podstatné zrychlení molekulárních simulací by umožnilo jejich větší zapojení do projektů vývoje
nových léčiv nebo designu proteinů. V současnosti používané algoritmy jsou pomalé kvůli
vysokým energetickým barierám mezi různými stavy systému a z důvodů nutnosti použít krátké
simulační kroky. Cílem projektu je přispět k řešení tohoto problému s použitím umělých
neuronových sítí, konkrétně algoritmu kontradiktorních autokodérů. Tento algoritmus bude
použit pro analýzu simulačních trajektorií (redukce dimenze). Následně bude použit ve spojení
s metadynamikou pro usnadnění překonávání energetických bariér a výpočet profilu volné
energie. Nakonec bude tento algoritmus použit pro vzorkování stavů simulovaného systému s řádově větší efektivitou (větším krokem), než v případě konvenčních simulací.
Publications
Total number of publications: 1
2022
-
Collective Variable for Metadynamics Derived From AlphaFold Output
FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES, year: 2022, volume: 2022, edition: 9, DOI